Dentro de los centrolénidos que habitan en la vertiente amazónica de los Andes ecuatorianos, Ruizolynchus flavopunctatus se distingue por tener el dorso verde con pequeños puntos amarillos a amarillo verdosos, el vientre es parcialmente blanco, es relativamente grande (adultos, LRC 21.0-27.4 mm), membrana moderada entre los dedos III y IV de la mano y no tiene espinas humerales. Especies con un patrón de color similar en el oriente de Ecuador incluye Nymphargus siren, Centrolene audax, Ruizolynchus puyoensis y Teratohyla midas. Ninguna de estas especies tiene membrana entre los dedos III y IV. Adicionalmente los machos adultos de Centrolene audax tienen espinas humerales.

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(1) Espinas humerales ausentes; (2) hígado sin guanóforos; (3) mitad anterior del peritoneo parietal ventral blanco, mitad posterior transparente; pericardio blanco; peritoneo cubriendo intestinos, estómago y riñones sin guanóforos; vejiga urinaria transparente; (4) dorso verde con puntos amarillo a verde amarillo bien definidos; huesos verdes; (5) en preservante, dorso lavanda oscuro a gris con pequeños puntos blancos a crema; (6) piel dorsal levemente granular; machos con espículas; (7) hocico usualmente redondeado en vista dorsal y lateral; (8) tímpano visible, su diámetro 27.9-38.7% del diámetro del ojo; pliegue supratimpánico pequeño; (9) membranas entre los dedos II y III de la mano ausente o basal, moderada entre los dedos III y IV y extensa entre los dedos IV y V; fórmula de membrana de los dedos externos: III (11/2-2-) — (3-3+) IV (11/3-2-) — (1+-11/2) V; (10) prepolex no separado del Dedo II de la mano; en machos, cojinete nupcial Tipo I; (11) Dedo II de la mano del mismo tamaño que el Dedo III (longitud Dedo II de la mano 95.5-104.0% del Dedo III); (12) pliegue ulnar pequeño o ausente; pliegue tarsal interno pequeño y corto; pliegue tarsal externo ausente; (13) pies con membranas hasta tres cuartas partes de los dedos; fórmula de membranas de los pies: I (0+-1) — (1¬-13/4) II (0+-1) — (0+-2) III (0+-1) — (11/3-2+) IV (2-2+) — (0+-1) V; (14) superficie ventral posterior de los muslos con dos tubérculos agrandados; (15) disco del Dedo III de la mano relativamente grande, su ancho 47.7-67.0% del diámetro del ojo; (16) cada vómero con 0-3 dientes; (17) los machos cantan desde la superficie superior de las hojas; comportamiento de pelea desconocido; sitio de deposición de los huevos desconocido.

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Superficie dorsal de la cabeza y el cuerpo verde a verde-café con pequeños puntos amarillo a amarillo verdosos bien definidos. La mitad anterior del peritoneo parietal ventral es blanco y la parte posterior es transparente. El iris es blanco grisáceo pálido, con o sin una tintura dorada, con manchas gris oscuro o café o con reticulaciones (Lynch y Duellman, 1973).