Pristimantis leoni es más similar P. floridus, hectus y pyrrhomerus, pero difiere por tener testículos negros (blancos en otros) y puntos rojos en la axila e ingle y en las superficies ocultas de las piernas; estas áreas son blancas en P. hectus. Pristimantis hectus, leoni y pyrrhomerus tienen discos digitales más angostos que P. floridus.

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(1) piel dorsal levemente granular con numerosos pliegues cortos; vientre areolado; pliegue discoidal ausente; pliegues dorsolaterales ausentes; (2) membrana timpánica ausente, anillo timpánico visible a través de la piel, más alto que largo, longitud 1/3 - 2/5 de la longitud del ojo; (3) hocico subacuminado visto dorsalmente, semitruncado visto lateralmente; (4) párpado superior con tubérculos subcónicos, más angostos que la distancia interorbital; crestas craneales ausentes; (5) odontóforos vomerinos bajos y oblícuos; (6) machos con sacos bucales; almohadillas nupciales ausentes; (7) Dedo I de la mano más corto que el II; discos angostos; (8) dedos de la mano sin rebordes laterales; (9) tubérculos ulnares indistintos; (10) talón sin tubérculos pequeños; borde externo del tarso con un pliegue corto; (11) tubérculo metatarsal interno elongado, tubérculo metatarsal externo redondo 2x; tubérculos plantares supernumerarios pequeños; (12) dedos de los pies con rebordes laterales; membrana ausente; Dedo V del pie ligeramente más largo que el III; (13) dorso café con marcas café oscuro; vientre gris a café con puntos crema; puntos blancos y/o áreas descoloridas (salmón o rojo brillante en vida) en la axila; ingle y muslos.

KU 130871-72 de la vertiente norte del Nudo de Mojanda, Imbabura: dorso y extremidades café o café rojizo con marcas grises; labios con barras crema y café; saco vocal pequeño; resto del vientre gris con unos pocos puntos amarillos o salmón; ingles y flancos posteriores gris con puntos amarillos en un individuo, rojo salmón en otro individuo; iris azul con puntitos negros y una raya negra. KU 165897-98 de 14 km O de Chiriboga, Pichincha: dorso café grisáceo con marcas negras y naranjas o café con marcas café oscuro; vientre gris apagado con flecos blanco plata o azulados; ingles y superficie oculta de los muslos rojo naranja con marcas negras; iris verde pálido con una línea roja media horizontal. KU 117320-40 de 14 km SE de Maldonado, Carchi: dorso café, café óxido o lavado con verde; ingles y superficies ocultas de las piernas rojo en hembras, café o crema e machos; vientre de las hembras crema apagado con flecos café, de los machos azulado con flecos café o reticulaciones; región gular café; iris gris azulado con una línea horizontal roja.