Pristimantis incomptus está aparentemente relacionado a P. carvalhoi, P. croceoinguinis y P. martiae, pero difiere de ellos por ser más grande y no tener el tímpano oculto

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(1) piel dorsal con tubérculos aplanados, vientre areolado; (2) tímpano distintivo, 1/4 - 2/5 del tamaño del ojo; (3) hocico subacuminado a redondeado visto dorsalmente, redondeado visto lateralmente, cantus rostralis redondeado; (4) párpado superior tan ancho como la distancia interorbital, sin tubérculos punzantes; sin crestas craneales; (5) odontóforos vomerinos no visibles excepto en hembras grandes, oblicuos; (6) machos con hendiduras vocales y sacos vocales subgulares; (7) Dedo I de la mano más corto que el II; almohadillas grandes, la del Dedo I más pequeña; discos más anchos que largos; (8) dedos de las manos con rebordes laterales; (9) sin tubérculos ulnares excepto el antebraquial pequeño; (10) sin tubérculos en los talones o el tarso externo; 1-2 tubérculos en el borde interno del tarso; (11) dos tubérculos metatarsales, el interno oval, 5-6 veces el tamaño del externo; tubérculos plantares supernumerarios numerosos; (12) dedos de los pies con rebordes laterales, sin emmbranas; almohadillas de los dedos de los pies tan grandes como las de los dedos de las manos; (13) encima café con marcas café oscuro, W escapular, chevrones, barras faciales y en las extremidades; vientre café; parte posterior del muslo café.

Dorso café claro (oliva claro, rojo claro o café en algunos) con marcas café oscuro; vientre gris en la mayoría, café apagado o crema sucio con flecos café en algunos individuos; iris bronce apagado a gris con una línea horizontal media café rojiza Un individuo tiene el hocico blanco.