Esta especie se distingue por su pequeño tamaño. Forma un clado con otras dos especies pequeñas del sur de Ecuador y norte de Perú, que son P. caeruleonotus y P. colodactylus. P. andinognomusP. colodactylus tienen el párpado superior con dos tubérculos cónicos, proceso dentígero del vómero pequeño, Dedo I de la mano más pequeño que el II, Dedo V del pie mucho más largo que el III; dedos de manos y pies con rebordes laterales. Pristimantis andinognomus se distingue de P. colodactylus por (características de P. andinognomus en paréntesis): LRC de machos 14.0– 20.7 mm (10.0–14.5), pliegues dorsolaterales ausentes (presentes), tubérculos sacrales ausentes (presentes), membrana y anillo timpánico ausentes (presentes), machos sin hendiduras vocales (presentes), con almohadillas nupciales (ausentes), talón con un tubérculo cónico (dos tubérculos cónicos).Pristimantis andinognomus y P. caeruleonotus son morfológica y filogenéticamente más similares (E. Lehr y D. Cannatella, datos sin publicar). Machos de ambas especies de tamaño similar (11.6–14.6 mm vs. 10.0–14.5 en P. andinognomus), mientras las hembras de P. caeruleonotus son ligeramente más grandes (20.5–22.6 mm vs. 12.6–17.9 en P. andinognomus). Pristimantis andinognomus y P. caeruleonotus tienen pliegyes dorsolaterales con un tubérculo sacral cónico en la parte posterior, hocico con una papila terminal pequeña; membrana y anillo timpánico; párpado superior con dos tubérculos cónicos grandes, proceso dentígero del vómero pequeño; machos con hendiduras vocales pero sin almohadillas nupciales, Dedo I de la mano más pequeño que el II; Dedo V del pie más largo que el III y dedos de manos y pies con rebordes laterales. Pristimantis andinognomus puede distinguirse de P. caeruleonotus por (caracteristicas de P. andinognomus en paréntesis): tubérculo escapular y pliegue postocular ausentes (presentes), discos de los dedos y pies ampliamente expandidos (levemente expandidos), talón con un solo tubérculo cónico (dos tubérculos cónicos), en vida dorso y vientre café chocolate (dorso polimórfico, usualmente café con flecos café oscuro, líneas dorsolaterales café claro, líneas dorsales café presentes o ausentes). Pristimantis coronatus del norte de Perú se conoce de solo una hembra de 15.3 mm LRC (Lehr y Duellman, 2007). Esta especie se distingue de P. andinognomus por no tener pliegues dorsolaterales, membrana ni anillo timpánico (ambos presentes en P. andinognomus), por tener crestas dérmicas distintivas en la parte posterior de la cabeza (ausentes), discos elongados acuminados (no elongados, redondos) y el talón con diminutos tubérculos (dos cónicos). Otros pequeños Pristimantis de Ecuador que son ligeramente más grandes que P. andinognomus son P. hectus (LRC en machos 13.6–16.8 mm, 19.4–22.5 en hembras), P. pyrrhomerus (LRC en machos 16.2–18.9 mm, 19.8–24.0 en hembras), P. simombolivari (LRC en machos 16.0–19.2 mm, 18.5–22.0 en hembras) y P. walkeri (13.8–18.5 mm, 19.4–25.3 en hembras). Pristimantis andinognomus y P. vidua ocurre sintópicamente en Abra de Zamora. Ambas especies tienen el Dedo I más corto que el Dedo II y los dedos de manos y pies con almohadillas angostas y una coloración café. Pristimantis andinognomus difiere de P. vidua por ser más pequeño (LRC máximo en hembras 17.9 mm vs. 23.1: Lynch, 1979). Adicionalmente, P. andinognomus (P. vidua) tiene el cuerpo más delgado (regordete), el hocico tiene un tubérculo terminal (ausente), tubérculos en el párpado superior elongados (ausentes), dos tubérculos cónicos alargados en el talón (ausente), dedos de manos y pies con rebordes laterales (ausentes), tímpano distintivo (oculto bajo piel), pliegues dorsolaterales cortos que terminan en un tubérculo sacral cónico (alargados, débiles y no terminan en tubérculo), proceso dentígero del vómero diminuto, embebido en mucosa (distintivo, 2–4 dientes Lynch, 1979).

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(1) Piel dorsal levemente granular con tubérculos dispersos que coalescen lateralmente en pequeñas crestas, pequeños pliegues dorsolaterales con un tubérculo sacral cónico en la parte posterior; vientre areolado; pliegues discoidales indistintos; (2) membrana y anillo timpánico presentes, margen superior y posterior ocultos por el pliegue supratimpánico; (3) hocico corto con pequeños tubérculos terminales, redondeado visto dorsal y lateralmente; (4) párpado superior con dos tubérculos cónicos agrandados; ancho del párpado superior más angosto que la distancia interorbital; crestas craneales ausentes; (5) proceso dentígero de los vómeros diminuto, embebido en mucosa bucal; (6) machos con hendiduras y sacos vocales, almohadillas nupciales ausentes; (7) Dedo I de la mano más corto que el II; discos de los dedos externos de las manos poco expandidos, redondos; (8) dedos de las manos con rebordes laterales; (9) tubérculos ulnares y tarsales presentes; (10) talón con dos tubérculos cónicos agrandados; cortos, pliegue tarsal interno presente; (11) tubérculo metatarsal interno oval, 1.5 veces el tamaño del metatarsal externo cónico, elevado, cónico visto lateralmente; tubérculos plantares supernumerarios distintivos; (12) dedos de los pies con rebordes laterales; membrana ausente; Dedo V del pie mucho más grande que el III; discos de los dedos de los pies del mismo tamaño que los de las manos, redondos; (13) en etanol, dorso polimórfico, usualmente café con flecos café oscuro, líneas dorsolaterales café claro o dorsales café presentes o ausentes; vientre café claro con puntos café oscuro; ingle, superficie anterior de los muslos y superficie oculta de las pantorrillas café claro con puntos café diminutos (Lehr y Coloma 2008).

Holotipo: (basado en una fotografía dorsolateral): color de fondo dorsal cobre pálido con una barra interorbital café oscuro bordeada anteriormente con una mancha gris pálido, dos puntos negros y flecos café oscuro en la región escapular y sacral rodeados de gris pálido. Banda gris pálida desde la parte superior del brazo hasta la parte inferior; piernas con barras café oscuro de forma irregular,parte externa del tarso con flecos negros. Labio superior con dos barras café oscuro debajo del ojo y una línea supratimpánca café oscuro. Flancos con una banda diagonal café oscuro. Iris dorado café con finas reticulaciones negras (Lehr y Coloma 2008).