Este Leptodactylus es como L. andreae y L. discodactylus en la falta de pliegues cutáneos dorsolaterales; el resto de las especies de Leptodactylus en el área tienen pliegues dorsolaterales. Leptodactylus wagneri y L. discodactylus diferencian de Adenomera en tener el primer dedo más de largo que el segundo (iguales en Adenomera), y en tener franjas laterales en los dedos del pie (ausentes en Adenomera). L. discododactylus diferencia de L. wagneri en que tiene los discos terminales de los dígitos expandidos y redondos, y generalmente un garganta oscuro y vientre crema, mientras que L. wagneri carece discos terminales ampliados y tiene una garganta y un vientre crema, ambos abigarrado (mottled) con marrón. Además, L. wagneri es más grande (> 78 milímetros) que L. discodactylus (< 36 milímetros). El hocico es redondeado. La piel del dorso tiene pequeñas espículas numerosas y muchos cortos cantos alargados lateralmente. El dorso y los flancos varían de verde oliva embotado (dull) a bronce o gris con puntos o abigarramiento (mottling) irregulares de marrón oscuro o negro. Generalmente hay una marca formada crudamente como un triángulo, con el ápice dirigido posteriormente, en la cabeza. Esto es confinado estrechamente por crema o gris pálido. Los labios tienen barras con crema y marrón oscuro. Las superficies dorsales de los miembros se colorean como el cuerpo y tienen barras transversales indistintas, irregulares, más oscuras. Las superficies posteriores de los muslos son negras con puntos o manchas amarillo verdoso a bronce amarillento. El vientre es color crema embotado (dull) con abigarramiento (mottling) marrón o gris oscuro, más prominente en individuos más grandes. El iris es bronce embotado (dull) con una raya horizontal mediana del marrón grisáceo. Algunos adultos de ambos sexos tienen áreas glandulares amarillas prominentes ventrolateralmente, y machos en reproducción tienen dos espinas dorsales nupciales en el prepollex (Duellman 1978).

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