Hyalinobatrachium pellucidum se distingue de la mayoría de las ranas de cristal por tener el peritoneo parietal ventral completamente transparente, hígado blanco y pericardio transparente (corazón rojo visible). En la vertiente amazónica de los Andes, H. pellucidum puede confundirse con H. munozorum, que presenta una capa sólida o fina de iridóforos en el pericardio y no tiene membranas entre los dedos III y IV.

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(1) Espinas humerales ausentes; (2) hígado bulboso, peritoneo hepático blanco; (3) peritoneo parietal ventral transparente; pericardio transparente; peritoneo banco cubriendo intestinos y estómago; peritoneo transparente en la vejiga urinaria; (4) dorso verde pálido con puntos amarillos difusos; huesos blancos; (5) en preservante dorso blanco cremoso con manchas moradas diminutas visibles bajo magnificación; (6) piel dorsal levemente granular; (7) hocico truncado visto dorsalmente; (8) tímpano parcialmente escondido bajo piel, diámetro 31% del diámetro del ojo; pliegue supratimpánico pequeño; (9) membranas ausentes entre dedos II y III, extensa entre los dedos externos; fórmula de membranas de la mano: III 11/2-3+ IV 2+ — 2- V; (10) prepolex no separado del Dedo II; almohadilla nupcial desconocida; (11) Dedo II de la mano ligeramente más largo que el Dedo III (Dedo III 95% del Dedo II); (12) pliegue ulnar presente, blanco; pliegue tarsal externo blanco, pliegue tarsal interno pequeño; (13) membrana extensa entre los dedos de los pies; fórmula de membrana de los pies I 1 — 11/2 II 1+ — 2- III 1+ — 2+ IV 2 — 1 V; (14) superficie posterior ventral de los muslos sin dos tubérculos pares agrandados; (15) ancho del disco del Dedo III 50% del diámetro del ojo; (16) dientes vomerinos ausentes; (17) canto desconocido; comportamiento de pelea desconocido; sitio de deposición de huevos desconocido.

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Dorso verde pálido con puntos amarillos difusos; vientre y superficies escondidas de las extremidades sin pigmentar; dedos de manos y pies amarillos; peritoneo parietal claro; corazón visible; huesos blancos; iris bronce plateado pálido (Lynch y Duellman, 1973).